Jeżeli w pierwszej części "Mass Effect" romansowaliśmy z którąś z postaci, to po przeniesieniu zapisanego stanu gry do "Mass Effect 2", na biurku w kajucie kapitana pojawi się jej zdjęcie.
Jeśli w części pierwszej pod koniec rozgrywki wybierzemy opcję ocalenia rady to podczas rozmowy z dziennikarką Khalisah al-Jilani, podążając ścieżką idealisty dowiemy się, że jednym ze zniszczonych krążowników przymierza w trakcie bitwy o cytadele był SSV Warsaw.
Jedna z misji pobocznych, jaką napotkamy w trakcie gry, jest związana z fabryką robotów umiejscowioną na planecie Čapek w systemie Haskinsa. Jest to oczywisty hołd złożony Karelowi Čapkowi, czeskiemu pisarzowi żyjącemu w XX wieku. To jemu właśnie science-fiction zawdzięcza słowo "robot", którego użył w dramacie "R.U.R.", opowiadającym o buncie w fabryce robotów.
Komandor Shepard, pierwsze ludzkie widmo, nosi nazwisko po amerykańskim astronaucie Alanie Shepardzie, pierwszym Amerykaninie w kosmosie.
Jeżeli przez pewien czas będziemy stali bezczynnie w pobliżu Legiona, na przykład przebywając w rdzeniu EDI, to geth po krótkiej chwili rozpocznie wykonywanie swojego robotycznego tańca.